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分子诊断的主要技术有核酸分子杂交、聚合酶链反应和生物芯片技术。1.核酸分子杂交技术 具有一定互补序列和核苷酸单链在液相或固相中按碱基互补配对原则缔合成异质双链的过程，称为核酸分子杂交。杂交的双方是待测核酸序列和探针序列。应用该技术可对特定DNA或RNA序列进行定性或定量检测。2.聚合酶链反应（即Polymerase chain reaction，PCR）原理：PCR是模板DNA，引物和四种脱氧核糖核昔三磷酸（dNTP）在DNA聚合酶作用下发生酶促聚合反应，扩增出所需目的DNA。包括三个基本步骤：双链DNA模板加热变性成单链（变性）；在低温下引物与单链DNA互补配对（退火）；在适宜温度下TapDNA聚合酶催化引物沿着模板DNA延伸。3.生物芯片技术是近年发展起来的分子生物学与微电子技术相结合的核酸分析检测技术。起初的生物芯片技术主要目标是用于DNA序列测定、基因表达谱鉴定和基因突变体检测和分析，所以又称为DNA芯片或基因芯片技术。由于这一技术已扩展至免疫反应、受体结合等非核酸领域，出现了蛋白质芯片、免疫芯片、细胞芯片、组织芯片等，所以改称生物芯片技术更符合发展趋势。

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Taq酶的酶动力与扩增效率有关。一般热启动Taq酶的酶动力越强，PCR扩增的指数增长期越长，‘S型’曲线更加典型，荧光信号值更高，而且更适合做多重PCR检测。我们曾比较过多家公司的热启动Taq酶，在国外品牌中，英国Bioline公司的热启动Taq酶，酶动力较好，可做4重PCR，等量起始模板CT30时的荧光信号值高。在国内品牌中，BIOG热启动Taq酶的指数期较长，可做3重PCR，且扩增曲线的‘S’型不受影响，其它的国产品牌一般只能支持2重反应，在做3重反应时，扩增曲线低矮，荧光信号值较低，无典型扩增曲线，结果很难判定。

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化验室诊断方法采用的检测依据有以下几种:①国家标准以及农业标准;②动物疫病检测的其他规范:③化验室自行设定的检测方法。不管采用何种方法，都需要考虑化验室自身的条件及样品类型，如在对伪狂犬病进行诊断时，实验室有酶标仪，没有基因扩增仪，在诊断时检测人员可采用酶联免疫吸附试验进行诊断。如果送检样品为血清，检测人员则可以采用酶联吸附试验，而不需要采用动物接种试验与病毒分离鉴定方法。

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随着对动物检疫工作的发展与完善,仅依靠兽医的经验检查已经不能满足现今动物疫病诊断的需求,因此,病理化验室开始发挥重要作用.如蓝耳病的病原学检测方式需要采集病猪的扁桃体,淋巴结,肺,肝,脾等,利用10%的中性福尔马林进行固定,经过石蜡切片,HE染色之后使用光镜对样本进行病理学组织检查得出结论,又如猪瘟的病理学检查方式主要有免疫荧光实验,酶联免疫吸附实验,核酸探针技术,基因芯片检测技术等.